Watu Ngelak memiliki nilai sejarah yang telah dipercaya masyarakat secara turun temurun. Sejarah nama Watu Ngelak berawal ketika Sultan Agung berkelana dari Keraton Pleret. Beliau menyusuri Sungai Opak menuju Laut Kidul untuk bersemedi, hingga akhirnya berhenti bukit batu.
Beliau merasa haus, dan oleh seorang anak yang sedang mencari ikan, Sultan Agung diberi minum air kelapa, sehingga Sultan Agung menamai bukit batu itu dinamai WATU NGELAK ('ngelak' dalam bahasa Jawa berarti 'haus'), dan dusun di sekitar bukit batu dengan nama PUTON, yang berarti cucu, sesuai dengan anak kecil cucu dari seorang janda di desa Dadapan, sebuah wilayah di selatan dusun Puton.
Di kawasan Watu Ngelak ini juga terdapat sebuah goa yang bentuknya unik dan berisi air, sehingga bisa digunakan untuk berenang atau sekadar bermain air dan berfoto ria.